4 курс / Дерматовенерология / Диссертация_Рауш_Е_Р_Особенности_возбудителей_внутрибольничного

121

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

1.У пациентов с признаками инвазивного кандидоза проводить исследование всех стерильных в норме биосубстратов (кровь, ЦСЖ,

перитонеальная жидкость) на наличие грибов рода Candida.

2.Обязательно определять до вида все культуры Candida spp.,

выделенные из различных локализаций от пациентов с инвазивным кандидозом современными методами. Для точной идентификации C.

не-albicans видов рекомендуется использовать метод MALDI-TOF

масс-спектрометрии.

3.Обязательно определять чувствительность всех культур Candida spp.,

выделенных из стерильных в норме биосубстратов к противогрибковым препаратам.

122

ПЕРСПЕКТИВЫ РАЗРАБОТКИ ТЕМЫ

1.Анализ главных компонент белков масс-спектра (PCA-анализ) с

построением PCA-дендрограмм является перспективным для внутривидового типирования штаммов Candida spp. и анализа эпидемиологического процесса в отделениях реанимации и интенсивной терапии, а также изучения способности штаммов к образованию биопленок.

2.Разработка новых быстрых некультуральных методов обнаружения

Candida spp. в крови и определения их чувствительности на основе геномики и протеомики.

123

СПИСОК УСЛОВНЫХ СОКРАЩЕНИЙ

ВБИК – внутрибольничный кандидоз ДК – дрожжевая клетка ДМСО – диметилсульфоксид

ДНК – дезоксирибонуклеиновая кислота ИД – идентификация ИК – инвазивный кандидоз

MALDI-TOF MS (Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization – Time-of-Flight Mass-spectrometry) – MALDI-TOF масс-спектрометрия (Матрично-

ассоциированная лазерная десорбция/ионизация – время-пролетная масс-

спектрометрия)

МПК – минимальная подавляющая концентрация МСП – масс-спектро-профиль ПЦР – полимеразная цепная реакция

рРНК – рибосомальная рибонуклеиновая кислота ЦСЖ – церебро-спинальная жидкость У – устойчивый УЧ – умеренно-чувствительный Ч – чувствительный

ATCC (American Type Culture Collection) - американская коллекция типовых культур

BSL (BoiSafety Level) – уровень биологического риска

CLSI ( Clinical and Laboratory Standards Institute) – Институт клинических и лабораторных стандартов

EUCAST (European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing) –

Европейский комитет по исследованию противомикробной чувствительности

РСА (Principal cluster analysis) – анализ главных компонент

RPMI – среда для культур клеток spp. – виды (грибов)

124

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1.Баранов В.С. Геномика на пути к предиктивной медицине // Acta Nature. – 2009. – №3. – 77-86 c.

2.Выборнова И. В. Определение чувствительности Candida spp. к флуконазолу двумя вариантами диско-диффузионного метода / И. В. Выборнова, Н. В. Васильева, Т. С. Богомолова // Проблемы медицинской микологии. – 2007. – Т.9, №2. – С. 5-7.

3.Диагностика микозов/ Р. А. Аравийский, Н. В. Васильева, Н. Н. Климко // СПб.: Издательский дом СПбМАПО, 2004. – 186 с., ил

4.Диагностика и лечение микозов в отделениях реанимации и интенсивной терапии. Российские национальные рекомендации. / А.Б.

Бакиров, А. В. Веселов, А. В. Власенко и др. (под ред. Климко Н. Н.) //

Москва: Изд.дом «Компания Боргес», 2010 г. – 92 с.

4.Идентификация возбудителей микозов с помощью секвенирования ДНК / Ю. В. Михайлова, М. В. Руднева, Г. А. Чилина и др. //

Проблемы медицинской микологии. – 2013. – Т. 15, №2. – С. 105-106.

5.Микологические культуральные исследования. Методические рекомендации / Н. В. Васильева, Н. П. Елинов, Т. С. Богомолова и др. // ГБОУ ВПО СЗГМУ им. И.И.Мечникова. – СПб. – 2013 г. – 40с.

6.Михайлова Ю.В. Молекулярная идентификация представителей

Aspergillus spp. из Российской Коллекции Патогенных Грибов / Ю. В. Михайлова, Г. А. Чилина, А. Г. Полищук // Проблемы медицинской микологии. – 2012. – Т. 14, №4. – С. 46-49.

7.Мухитов А.Р., Архипова С.С. Никольский Е.Е. Современная световая

микроскопия в биологических и медицинских исследованиях. М.: Наука, 2011.-140с.

8. Патогенные и условно-патогенные макро- и микромицеты как объекты царства грибов (Fungi), их характеристика с учётом требований международного кодекса ботанической номенклатуры:

125

учебное пособие, выпуск I. / Н.П. Елинов, Н. В. Васильева, А. А.

Маметьева и др. (под ред. Елинова Н. П. // СПб.:КОСТА, 2011. – 64 с.

9.Пестова, Л.А. Кандидемия и острый диссеминированный кандидоз у больных в отделениях интенсивной терапии: дис. канд. мед. наук 03.00.24, 14.00.37 / Пестова Любовь Альбертовна. – СПб, 2004. – 160 с.

10.ПЦР в реальном времени /Ребриков Д.В., Саматов Г.А., Трофимов Д.Ю. и др. (под ред. Д.В. Ребрикова). // М.: БИНОМ. Лаборатория знаний. – 2014. - 223 с.

11.Рациональная научно-практическая терминология патогенных и условно-патогенных грибов и вызываемых ими заболеваний: учебное пособие, выпуск III. / Н. П. Елинов, Н. В. Васильева, Е. Р. Рауш и др.

(под ред. Елинова Н. П. // СПб.:ООО «МГК», 2014. – 72 c.

12.Реброва, О.В. Статистический анализ медицинских данных. Применение пакета прикладных программ «Статистика» / О.В. Реброва – 3-е изд. – Москва: Медиа Сфера, 2006. – 312 с.

13.СП 1.3.2322-08. Безопасность работы с микроорганизмами III и IV

групп патогенности (опасности) и возбудителями паразитарных болезней. – М., Российская газета, 2011. – 13 июля .

14.Candida. Кандидозы. Лабораторная диагностика / под ред. Н. П. Елинов, Н. В. Васильева, А. А. Степанова и др. ( под ред. Елинова Н.П.) // СПб.: КОСТА, 2010. – 224 с.

15.In vitro активность флуконазола и вориконазола в отношении более 10000 штаммов дрожжей: результаты 5-летнего проспективного исследования ARTEMIS Disk в России / А. В. Веселов, Н. Н. Климко, О. И. Кречикова и др. // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. – 2008. – Т. 10.,№ 4. – С. 345-354.

16.A 1-year prospective survey of candidemia in Italy and changing epidemiology over one decade / A. M. Tortorano, A. Prigitano, C. Lazzarini et al. // Infection. – 2013. – Vol.41. – P.655–662.

126

17.A.V. Espinel-Ingroff /Medical Mycology in the United States. A historical analysis (1894-1996)/ Kluwer Academic Publishers, the Netherlands, 2003

18.Alastruey-Izquierdo A. Antifungal susceptibility profile of cryptic species

of Aspergillus. / A. Alastruey-Izquierdo, L.Alcazar-Fuoli, M.CuencaEstrella // Mycopathologia. – 2014. – Vol.178. – P.427–433.

19. Amino acid substitutions in the Candida albicans sterol 5,6-desaturase (Erg3p) confer azole resistance: characterization of two novel mutants with impaired virulence / F. Morio, F. Pagniez, C. Lacroix et al. // J. Antimicrob. Chemother. – 2012. – Vol.67. – P.2131–2138.

20.Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics / White T. J., Bruns T., Lee S. et al. // PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications. – 1990. – P. 315-322.

21.An Implementation Strategy for the Use of Chromogenic Media in the Rapid, Presumptive Identification of Candida Species / H. J. Adam, S.E. Richardson, M. Roscoe et al. // The Open Mycology Journal. – 2010. – Vol.4. – P. 33-38.

22.Antifungal susceptibility of 205 Candida spp. isolated primarily during invasive Candidiasis and comparison of the Vitek 2 system with the CLSI broth microdilution and Etest methods / N. Bourgeois, L. Dehandschoewercker, S. Bertout et al. // J. Clin. Microbiol. – 2010. – Vol.48. – P.154-161.

23.Antifungal susceptibility testing: current role from the clinical laboratory perspective / B. Posteraro, R. Torelli, E. De Carolis // Mediterr. J. Hematol. Infect. Dis. – 2014. – Vol.6. – e2014030.

24.Antifungal susceptibilities of Candida glabrata species complex, Candida krusei, Candida parapsilosis species complex and Candida tropicalis causing invasive candidiasis in China: 3 year national surveillance / M. Xiao, X. Fan, S. C. Chen et al. // J. Antimicrob. Chemother. – 2014. – Vol.3.

– P. 152-161

127

25.Application of MALDI-TOF MS for requalification of a Candida clinical isolates culture collection / R. Lima-Neto, C. Santos, N. Lima et al. // Braz.

J.Microbiol. – 2014. – Vol.45. – P. 515–522.

26.Arendrup M. Epidemiology of invasive candidiasis / M. Arendrup // Current Opinion in Critical Care. – 2010. – Vol.16. – P. 445–452.

27.Assesment of ribosomal Large-Subunit D1-D2, Internal Transcribed Spacer 1, and Internal Transcribed Spacer 2 regions as targets for molecular identification of medically important Aspergillus species / H. P. Hinrikson,

S.F. Hurst, T. J. Lott et al. // J. Clin. Microbiol . – 2007. – Vol. 43, № 5. – P. 2092-2103.

28.ATB fungus Comparative evaluation of ATB Fungus 2 and Sensititre YeastOne panels for testing in vitro Candida antifungal susceptibility / E. Eraso, M. Ruesga, M. Villar-Vidal et al. // Rev. Iberoam. Micol. – 2008. – Vol.25. – P. 3-6.

29.Atlas of clinical fungi: electronic version 3.1. [Electronic resource] / Hoog G.S. de, Guarro J., Gene J. et al. - Utrecht, Reus, 2011. – (СD-ROM).

30.AUXACOLOR2. User manual book. BioRad – USA. – 2003. – 79 p.

31.Balashov S. V. Assessing resistance to the echinocandin antifungal drug caspofungin in Candida albicans by profiling mutations in FKS1 / S. V. Balashov, S. Park, D. S. Perlin // Antimicrob. Agents Chemother. – 2006. – Vol.50. – P. 2058-2063.

32.Barnett J. A. A history of research on yeasts 12: medical yeasts part 1,

Candida albicans / J. A. Barnett // Yeast. – 2008. – Vol.25. – P.385–417.

33.Candida bloodstream infections: comparison of species distributions and antifungal resistance patterns in community-onset and nosocomial isolates in the SENTRY Antimicrobial Surveillance Program, 2008-2009 / M. A Pfaller, G. J. Moet, S. A. Messer et al. // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. – 2011. –Vol. 55. – P. 561-566.

34.Candida bracarensis detected among isolates of Candida glabrata by peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization: susceptibility data

128

and documentation of presumed infection / J. A. Bishop, N. Chase, S. S.

Magill et al. // J. Clin. Microbiol. – 2008. – Vol.46. – P. 443–446.

35.Candida identification: a journey from conventional to molecular methods in medical mycology / M. Z. Alam, Q. Alam, A. Jiman-Fatani et al. // World J. Microbiol. Biotechnol. – 2014. – Vol. 30. – P. 1437-1451.

36.Candida guilliermondii, an Opportunistic Fungal Pathogen with Decreased Susceptibility to Fluconazole: Geographic and Temporal Trends from the ARTEMIS DISK Antifungal Surveillance Program / M. A. Pfaller, D. J. Diekema, M. Mendez et al. // J. Clin. Microbiol. – 2006. – Vol.44. – P.3551–3556.

37.Candidiasis: New Insights for the Healthcare Professional / Q. Ashton Acton (eds.) – Scholarly Editions, Atlanta, 2013. – P.57

38.Candida parapsilosis sensu stricto and the closely related species Candida orthopsilosis and Candida metapsilosis in vulvovaginal candidiasis / Y. Zhu, Y. Shan, S. Fan et al. // Mycopathologia. – 2014. – Vol. 17. – P.17-23

39.Candida parapsilosis,Candida orthopsilosis, and Candida metapsilosis virulence in the non-conventional host Galleria mellonella / S. Gago, R. Garcнa-Rodas, I.Cuesta et al. // Virulence. – 2014. – Vol. 5 - P.278–285.

40.Candida species distribution and antifungal susceptibility testing according to European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing and new vs. old Clinical and Laboratory Standards Institute clinical breakpoints: a 6- year prospective candidaemia survey from the fungal infection network of Switzerland / C. Orasch, O. Marchetti, J. Garbino et al. // Clin. Microbiol. and Infect. – 2014. – Vol.20. – P. 698–705.

41.Candidemia in Europe: epidemiology and resistance. / A. M. Tortorano, C. Kibbler, J. Peman et al. // Int J Antimicrob Agents. – 2006. – Vol.27. – P.359–366.

42.Candidemia at intensive care units (ICU) in Saint-Petersburg, Russia / L. Pestova, N. Klimko, T. Bogomolova et al. // Clinical microbiology and infection. – 2004. – Vol. 10. – P. 639-640.

129

43.Candidemia epidemiology and susceptibility profile in the largest Brazilian teaching hospital complex / A. Lopes Motta, G. Madeira, D. de Almeida et al. // Braz. J. Infect. Dis. – 2010. – Vol.14. – P.15-24.

44.Candidaemia associated with decreased in vitro fluconazole susceptibility: is Candida speciation predictive of the susceptibility pattern? / D. A. Oxman, J.K. Chow, G.Frendl et al. // J. Antimicrob. Chemother. – 2010. – Vol.65. – P.1460-1465.

45.Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Reference method for antifungal disk diffusion susceptibility testing of yeasts; approved guideline // CLSI document M44-A. – 2004. – CLSI, Wayne, PA, USA.

46.Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Reference Method for Broth Dilution Antifungal Susceptibility Testing of Yeasts: third edition // CLSI document M27-A3. – 2008. - CLSI, Wayne, PA, USA.

47.Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Reference Method for Broth Dilution Antifungal Susceptibility Testing of Yeasts: third edition // CLSI document 3rd Informational Supplement M27-S3. – 2008. - CLSI, Wayne, PA, USA.

48.Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Reference Method for Broth Dilution Antifungal Susceptibility Testing of Yeasts: third edition // CLSI document 3rd Informational Supplement M27-S4. – 2012. - CLSI, Wayne, PA, USA.

49.Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Interpretive criteria for identification of bacteria and fungi by DNA target sequencing; approved guideline. // CLSI document MM18-A. – 2008. – CLSI, Wayne, PA, USA.

50.Clinically achievable caspofungin, micafungin and anidulafungin concentrations within the bloodstream:experience from a mycology reference laboratory /N. P. Wiederhold, , D. A. Sutton, A. W. Fothergill et al. // Mycoses. – 2013. – Vol. 56. –P. 58.

51.Clinical practice guidelines for the management of candidiasis: 2009 update by the Infectious Diseases Society of America / P. G. Pappas, C. A.

130

Kauffman, D. Andes et al. // Clinic. Infect. Dis. – 2009. – Vol.48. – P. 503-

535.

52.Comparison of results of fluconazole and voriconazole disk diffusion testing for Candida spp. with results from a central reference laboratory in the ARTEMIS DISK Global Antifungal Surveillance Program / M. A. Pfaller, L. Boykena, R. J. Hollisa et al. // J. Clin. Microbiol. – 2009. – Vol.48. – P.1358–1365.

53.Comparison of minimal inhibitory concentration elevation in Candida dubliniensis and Candida albicans after fluconazole exposure in vitro / K. Chaicumpar, S. Srichangwang, K. Samerpitak et al. // Mycoses. – 2013. – Vol.56. – P.63.

54.Crist A.E. Jr. Comparison of the MUREX C. albicans, albicans-Sure, and BactiCard Candida test kits with the germ tube test for presumptive identification of Candida albicans / A.E.Jr. Crist, T.J. Dietz, K. Kampschroer // J. Clin. Microbiol. – 1996. – Vol. 34. – P. 2616–2618.

55.Cuenca-Estrella M. Antifungal drug resistance mechanisms in pathogenic fungi: from bench to bedside / M. Cuenca-Estrella // Clin. Microbiol. Infect.

– 2014. – Vol. 20, Suppl. 6. – P.54–59.

56.Direct MALDI-TOF Mass Spectrometry Assay of Blood Culture Broths for Rapid Identification of Candida Species Causing Bloodstream Infections: an Observational Study in Two Large Microbiology Laboratories / T. Spanu, B. Posteraro, B. Fiori et al. // J. Clin. Microbiol. – 2012. - Vol. 50. – P. 176179.

57.Distinct roles of Candida albicans drug resistance transcription factors TAC1, MRR1, and UPC2 in virulence / A. Lohberger, A. T. Coste, D. Sanglard et al. // Eukaryot. Cell – 2014. – Vol.13. – P.127–142.

58.Delaloye J Invasive candidiasis as a cause of sepsis in the critically ill patient / Delaloye J, Calandra T // Virulence. – 2014. – Vol.5. – P.161-169.