6 курс / Клинические и лабораторные анализы / Лабораторная_диагностика_туберкулеза_Ерохин_В_В_ред_
.pdfМодуль 6. Организация бактериологических лабораторий и обеспечение санитарно-эпидемиологического режима (инфекционного контроля) в лабораториях противотуберкулезных учреждений
Тема 6.1. Структура и функции микробиологических лабораторий противотуберкулезных учреждений:
•определение задач и функций бактериологических лабораторий I–IV уровней;
•взаимодействие бактериологических лабораторий разных уровней.
Тема 6.2. Особенности инфекционного контроля в лабораториях противотуберкулезных учреждений и КДЛ учреждений ПМСП:
•определение функций бактериологических лабораторий противотуберкулезных учреждений и КДЛ учреждений ПМСП.
Тема 6.3. Комплексные технические меры обеспечения биологической безопасности воздушной среды в лабораториях:
•определение возможных технических мер контроля воздушной среды, выбор приоритетов;
•приточно-вытяжная вентиляция, специальное оборудование фильтрации и инактивации микроорганизмов, бактерицидное оборудование и пр.;
•контроль эффективности работы специального оборудования;
•правила лабораторной гигиены;
•активность дезинфицирующих средств, проблема выбора, правила использования.
|
Тема 6.4. Калибровка и эксплуатация лабораторного оборудо- |
|
|
вания: |
|
|
• список лабораторного оборудования для бактериологических |
|
|
лабораторий разных функциональных уровней и КДЛ учреж- |
|
|
дений ПМСП, правила размещения оборудования в лаборато- |
|
|
рии; |
|
|
• условия эксплуатации и правила калибровки различного лабо- |
|
ПРОГРАММАУЧЕБНАЯ |
раторного оборудования; |
|
• правила работы в шкафах биологической безопасности, их по- |
||
|
||
|
верка и правила замены фильтров. |
18
Тема 6.5. Подготовка отчетов о деятельности лаборатории:
•отчет лаборатории: обязанности персонала, нагрузки, объемы выполненных лабораторных процедур, сравнительные характеристики, правила подготовки.
Тема 6.6. Оценка деятельности лаборатории и курация:
•оценка деятельности лабораторий;
•стандартизованные форм оценки деятельности лабораторий;
•функциональные обязанности сотрудников лаборатории;
•взаимодействие специалистов лабораторий и клинических подразделений;
•план курации: задачи и цели, формы курации и периодичность;
•обмен опытом курации лабораторий и территорий.
Модуль 7. Гены микобактерий и микобактерий туберкулезного комплекса
Тема 7.1. Введение. Актуальность использования молекулярногенетических методов исследования во фтизиатрии:
•особенности эпидемиологических показателей по туберкулезу в РФ на современном этапе, проблема повышения выявления ЛУ МБТ;
•сокращение сроков микробиологической диагностики туберкулеза;
•совершенствование идентификации микобактерий до вида и штамма.
Тема 7.2. Геномная организация микобактерий туберкулезного комплекса:
•структура генома микобактерий;
•классификация генов;
•альтерации в геноме и делеционное картирование.
Тема 7.3. Основные гены патогенности микобактерий:
•гены клеточной секреции и функции оболочки;
•гены ферментов, вовлеченных в общий клеточный метаболизм;
•гены белков – регуляторов транскрипции.
Тема 7.4. Генетические основы персистенции микобактерий в макроорганизме:
•основные гены микобактерий, ответственные за проникновение и внутриклеточное существование;
УЧЕБНАЯ ПРОГРАММА
19
УЧЕБНАЯ ПРОГРАММА
•альтернативные пути метаболизма МБТ при персистенции в макроорганизме.
Тема 7.5. Особенности генетики НТМБ:
•структурные гены;
•вставочные последовательности;
•видоспецифические различия в геноме НТМБ.
Модуль 8. Молекулярные методы в кластерном анализе микобактерий туберкулеза
Тема 8.1. Мишени в геноме микобактерий, применяемые для кластерного анализа:
•вставочные последовательности;
•повторяющиеся последовательности;
•спейсорные последовательности в DR-локусе;
•однонуклеотидные мутации.
Тема 8.2. Глобальные филогенетические группы микобактерий туберкулезного комплекса:
•представление о филогении микобактерий туберкулезного комплекса;
•три принципиальные генетические группы МБТ;
•основные линии МБТ.
Тема 8.3. Основные кластерные группы микобактерий туберкулеза:
•кластеризация МБТ с использованием методов молекулярной эпидемиологии;
•W-Beijing кластер МБТ;
•другие кластерные группы МБТ;
•встречаемость МБТ разных кластеров в мире.
Тема 8.4. Молекулярная эпидемиология туберкулеза в России:
•кластерный анализ популяции МБТ, циркулирующей в регионах РФ с использованием сполиготипирования;
•кластерный анализ по ПДРФ IS6110;
•генотипирование МБТ, выделенных на территории РФ, методом VNTR и MIRU-VNTR.
Тема 8.5. Применение методов молекулярной эпидемиологии для решения клинических задач:
• генотипирование микобактерий в процессе химиотерапии;
20
•роль генотипирования МБТ для дифференциации эндогенной реактивации и экзогенного инфицирования больного туберкулезом;
•обнаружение инфицирования двумя штаммами;
•эпидемиологические расследования.
Модуль 9. Молекулярно-генетические методы для выявления микобактерий туберкулезного комплекса и НТМБ
Тема 9.1. Основные мишени в геноме микобактерий, лежащие в основе молекулярной диагностики:
•критерии выбора мишени для ПЦР-диагностики;
•основные гены – мишени для ПЦР-диагностики МБТ;
•гены-мишени для ПЦР-диагностики основных клинически значимых видов НТМБ.
Тема 9.2. ПЦР – основа для молекулярно-генетических исследований во фтизиатрии:
•стадии ПЦР;
•принцип ПЦР в реальном времени;
•преимущества ПЦР в диагностике туберкулеза.
Тема 9.3. Методология проведения ПЦР анализа:
•особенности выделения ДНК МБТ;
•условия амплицикации ДНК МБТ;
•детекция продуктов ПЦР.
Тема 9.4. Разнообразие тест-систем для детекции результатов ПЦР-анализа:
•тест-системы с электрофоретическим анализом результатов;
•тест-системы для проведения ПЦР в режиме реального времени;
•особенности основных тест-систем для ПЦР-диагностики туберкулеза.
Тема 9.5. Эффективность использования ПЦР для диагностики туберкулеза в клинике:
• |
ПРОГРАММАУЧЕБНАЯ |
сравнение результатов ПЦР-диагностики с традиционными ме- |
|
|
тодами выявления микобактерий; |
• |
место ПЦР-анализа в лабораторной диагностике туберклулеза. |
21
МЕТОДИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ
Модуль 10. Молекулярно-генетическая идентификация микобактерий
Тема 10.1. Основные мишени и методы, позволяющие дифференцировать МТК от НТМБ:
•IS6110;
•MPT64.
Тема 10.2. Методы, позволяющие дифференцировать виды микобактерий внутри туберкулезного комплекса:
•сполиготипирование;
•ДНК-стриповая технология;
•ПЦР – тест-системы.
Тема 10.3. Молекулярные мишени, позволяющие проводить видовую дифференциацию НТМБ:
•вставочные последовательности;
•структурные гены;
•филогенетическое родство и таксономическая классификация микобактерий на основе секвенирования генов-мишеней.
Тема 10.4. Методы, применяемые для видовой идентификации НТМБ:
•ДНК-стриповая технология;
•протеомный анализ методом масс-спектрометрии.
Тема 10.5. Значение молекулярно-генетической идентификации микобактерий для фтизиатрической клиники:
•НТМБ как «маска» ШЛУ ТБ;
•частота выявления НТМБ в клинике с использованием моле- кулярно-генетических методов.
Модуль 11. Молекулярно-генетические основы резистентности микобактерий
Тема 11.1. Гены микобактерий, ответственные за устойчивость к ПТП:
•гены, ответственные за устойчивость к ПТП первого ряда;
•гены, ответственные за устойчивость к некоторым ПТП второго ряда;
•механизмы возникновения лекарственной устойчивости к основным препаратам.
Тема 11.2. Молекулярно-генетические методы определения ЛУ МБТ:
22
•секвенирование генов МБТ, ответственных за устойчивость к ПТП
•биочиповая технология;
•ДНК-стриповая технология;
•аллель-специфическая ПЦР.
Тема 11.3. Спектр мутаций в геноме МЛУ и ШЛУ штаммов:
•мутации в геноме МБТ с МЛУ и ШЛУ, выделенных от впервые выявленных больных;
•мутации в геноме МБТ с МЛУ и ШЛУ, выделенных от больных с неудачей лечения и с рецидивами.
Тема 11.4. Значение ускоренных методов детекции ЛУ для повышения эффективности лечения ТБ:
•время установления ЛУ МБТ молекулярно-генетическими и традиционными микробиологическими методами;
•эффективность лечения туберкулеза по результатам ускоренного определения лекарственной чувствительности МБТ моле- кулярно-генетическими методами.
Модуль 12. Организация лаборатории молекулярно-генетических методов исследований
Тема 12.1. Задачи лаборатории молекулярно-генетических методов исследований:
•ускоренное выявление МБТ и НТМБ;
•сокращение сроков определения ЛУ;
•точная видовая и штаммовая идентификация микобактерий.
Тема 12.2. План рабочих зон лаборатории молекулярно-гене- тических исследований и рекомендуемый комплект оборудования:
•размещение ПЦР-рабочих зон в условиях баклаборатории;
•рекомендуемый комплект оборудования.
Тема 12.3. Меры по предотвращению контаминации в ПЦР-ла- боратории:
•соблюдение правил работы медперсоналом;
•соблюдения поточности движения биоматериала;
•деконтаминационная обработка оборудования и помещений.
Тема 12.4. Соблюдение правил биобезопасности при работе в лаборатории молекулярно-генетических исследований:
•правила организации безопасной работы лаборатории;
•правила соблюдения личной безопасности.
УЧЕБНАЯ ПРОГРАММА
23
МЕТОДИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ
Тема 12.5. Контроль качества работы молекулярно-генетиче- ских лабораторий:
•внутренний контроль качества;
•участие в системе внешнего контроля качества (ФСВОК).
Тематический план лекций
1.Этиология и патогенез туберкулеза
2.Эпидемиологическая ситуация по туберкулезу в РФ и мире
3.Характеристика и таксономия микроорганизмов рода Mycobacterium
4.Световая, люминесцентная и LED-микроскопия
5.Организация выявления больных туберкулезом бактериоскопическими методами в учреждения ПМСП
6.Правила сбора, транспортировки, обработки и хранения диагностических материалов
7.Питательные среды: характеристики и правила приготовления
8.Правила посева, культивирования, идентификации и интерпретации результатов
9.Теоретические основы лекарственной устойчивости микобактерий
10.Классические бактериологические методы определения лекарственной чувствительности микобактерий туберкулеза 11.Пробоподготовка, особенности культивирования, выделения
культур и идентификации на автоматизированных и полуавтоматизированных системах
12.Изучение лекарственной чувствительности на автоматизированных и полуавтоматизированных системах
13.Структура и функции микробиологических лабораторий противотуберкулезных учреждений
14.Особенности инфекционного контроля в лабораториях противотуберкулезных учреждений и КДЛ учреждений ПМСП 15.Комплексные технические меры обеспечения биологической
безопасности воздушной среды в лабораториях 16.Введение. Актуальность использования молекулярно-генети-
ческих методов исследования во фтизиатрии.
17.Геномная организация микобактерий туберкулезного комплекса.
18.Особенности генетики НТМБ.
19.Мишени в геноме микобактерий, применяемые для кластерного анализа.
24
20.Глобальные филогенетические группы микобактерий туберкулезного комплекса.
21.Молекулярная эпидемиология туберкулеза в России. 22.Основные мишени в геноме микобактерий, лежащие в основе
молекулярной диагностики.
23.Эффективность использования ПЦР для диагностики туберкулеза в клинике.
24.Основные мишени и методы, позволяющие дифференцировать МТК от НТМБ.
25.Значение молекулярно-генетической идентификации микобактерий для фтизиатрической клиники.
26.Гены микобактерий, ответственные за устойчивость к ПТП. 27.Молекулярно-генетические методы определения ЛУ МБТ. 28.Значение ускоренных методов детекции ЛУ для повышения эф-
фективности лечения ТБ. 29.Задачи лаборатории.
Тематический план практических занятий
1.Световая, люминесцентная и LED-микроскопия
2.Настройка и эксплуатация микроскопов. Вспомогательное лабораторное оборудование
3.Правила посева, культивирования, идентификации и интерпретации результатов
4.Правила разведения препаратов и приготовление питательных сред
5.Пробоподготовка, особенности культивирования, выделения и идентификации культур на автоматизированных и полуавтоматизированных системах
6.Изучение лекарственной чувствительности на автоматизированных и полуавтоматизированных системах
7.Применение методов молекулярной эпидемиологии для решения клинических задач.
8.Методология проведения ПЦР анализа.
9.Разнообразие тест-систем для детекции результатов ПЦР-ана-
лиза.
10.Методы, позволяющие дифференцировать виды микобактерий внутри туберкулезного комплекса.
11.Методы, применяемые для видовой идентификации НТМБ. 12.Молекулярно-генетические методы определения ЛУ МБТ. 13.Соблюдение правил биобезопасности при работе в лаборатории
молекулярно-генетических исследований.
УЧЕБНАЯ ПРОГРАММА
25
МЕТОДИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ
Тематический план семинарских занятий:
1.Обзор микробиологических методов изучения микроорганизмов рода Mycobacterium и их место в диагностике туберкулеза
2.Обеспечение качества микроскопических исследований
3.Учет и отчетность при проведении микроскопических исследований
4.Правила сбора, транспортировки, обработки и хранения диагностических материалов
5.Обеспечение качества культуральных исследований
6.Учет и отчетность при проведении культуральных исследований
7.Правила разведения препаратов и приготовление питательных сред
8.Организация внутреннего контроля качества при постановке тестов лекарственной чувствительности
9.Учет и отчетность при проведении тестов лекарственной чувствительности
10.Основы и принципы организации мониторинга лекарственной чувствительности
11.Пробоподготовка, особенности культивирования, выделения и идентификации культур на автоматизированных и полуавтоматизированных системах
12.Внутренний и внешний контроль качества при проведении исследований на автоматизированных и полуавтоматизированных системах
13.Учет и отчетность при проведении исследований с использованием автоматизированных и полуавтоматизированных систем
14.Калибровка и эксплуатация лабораторного оборудования 15.Подготовка отчетов о деятельности лаборатории 16.Оценка деятельности лаборатории и курация
17.Геномная организация микобактерий туберкулезного комплекса.
18.Основные гены патогенности микобактерий.
19.Генетические основы персистенции микобактерий в макроорганизме.
20.Особенности генетики НТМБ.
21.Основные кластерные группы микобактерий туберкулеза. 22.Молекулярная эпидемиология туберкулеза в России. 23.Применение методов молекулярной эпидемиологии для реше-
ния клинических задач.
24.ПЦР – основа для молекулярно-генетических исследований во фтизиатрии.
26
25.Методология проведения ПЦР анализа. |
|
||
|
|||
26.Разнообразие тест-систем для детекции результатов ПЦР-ана- |
|
||
лиза. |
|
||
27.Эффективность использования ПЦР для диагностики туберку- |
|
||
леза в клинике. |
|
||
28.Методы, применяемые для видовой идентификации НТМБ. |
|
||
29.Значение молекулярно-генетической идентификации микобак- |
|
||
терий для фтизиатрической клиники. |
|
||
30.Молекулярно-генетические методы определения ЛУ МБТ. |
|
||
31.Спектр мутаций в геноме МЛУ и ШЛУ штаммов. |
|
||
32.Значение ускоренных методов детекции ЛУ для повышения эф- |
|
||
фективности лечения ТБ. |
|
||
33.План рабочих зон лаборатории молекулярно-генетических ис- |
|
||
следований и рекомендуемый комплект оборудования. |
|
||
34.Меры по предотвращению контаминации в ПЦР-лаборатории. |
|
||
35.Соблюдение правил биобезопасности при работе в лаборатории |
|
||
молекулярно-генетических исследований. |
|
||
36.Контроль качества работы молекулярно-генетических лабора- |
|
||
торий. |
|
||
8. Лабораторный практикум |
|
||
Лабораторный практикум предусматривает в рамках Практи- |
|
||
ческих занятий визиты в лаборатории и демонстрацию методов и |
|
||
оборудования для микробиологической и молекулярно-генетиче- |
|
||
ской диагностики туберкулеза. |
|
||
9. Перечень практических навыков и умений, осваиваемых в ходе |
|
||
изучения дисциплины: |
|
||
• работы бактериолога, специалиста общей лабораторной прак- |
|
||
тики; |
|
||
• работы врача клинической лабораторной диагностики в обла- |
|
||
сти диагностики туберкулеза |
|
||
• расчетов и приготовления растворов, питательных сред, разве- |
|
||
дений лекарственных препаратов и других химических реаген- |
|
||
тов; |
ПРОГРАММА |
||
• обеспечения технологических процессов и управления лабора- |
|||
|
|||
торией; |
|
||
• работы с патологическими биологическими агентами; |
|
||
• работы на современном лабораторном оборудовании; |
УЧЕБНАЯ |
||
• интерпретации лабораторных данных и представления стати- |
|||
|
|||
стических материалов; |
|
||
|
|
|
27